随着市场经济体制的发展和多种所有制经济组织的出现，人事档案管理也面临着一系列新问题，主要表现在如下方面：
　　
　　(一)人事档案的作用有弱化趋势
　　
　　改革开放后，我国经济体制由计划经济转向市场经济，人事档案的地位由此发生了变化。尤其是近些年社会对人事档案的注重程度渐趋淡化，越来越多的单位和个人对人事档案的内容、功能、管理、转递认识不清，甚至丢弃不管。从而形成了档案作用一经弱化，管理水平接踵降低；管理水平一旦降低，档案作用就愈被弱化的恶性循环局面，最终导致了社会用人单位聘人过程中可看可不看档案、或不看档案就录聘的常见社会现象。
　　
　　(二)人事档案管理体制的不顺
　　
　　《干部档案管理条例》规定“干部档案实行党委或行政主管部门领导下集中统一和分级负责的管理体制”。但当前的实际情况是：
　　1．干部人事档案的管理机构突破了原有的体制。干部实行分类管理后统一的干部概念不复存在。特别是企业单位，由身份管理转为岗位管理，“干部档案”被“员工档案”所包容，企业的行政级别被取消，管理者由职工代表大会选举产生，按原行政级别分级负责人事档案的管理体制自然消亡。而新的管理体制又未建立，企业破、停、撤、并后，这部分人事档案的管理已经脱离了干部人事档案管理的原有体制。因此，在操作规程、档案使用上也脱离了组织人事部门的监管覆盖面。
　　2．在多种所有制经济组织中从业的员工档案，现已多半委托社会中介机构管理，但不排除单位自行保管档案的现象存在。究竟什么单位能够自行管理员工的人事档案，什么单位不能够管理自己员工的档案，始终缺少明确、统一的规定。人事档案的管理体制如何自上而下、由点及面的理顺问题既让企业经营者困惑，也让人事档案管理者茫然。
　　3．中组部、人事部文件规定，流动人员的人事档案管理只能由政府人事部门所属的人才服务机构负责，但现在有些职业介绍服务机构却管理着大量人事档案；还有一些人事档案因各种原因尚在个人手中。这些人事档案的管理应该说是现今漏洞最大，也是最需要监管的。
　　
　　(三)人事档案管理机制滞后于形势的发展
　　
　　当前我国经济增长发展迅猛，社会结构、人们的思想观念亦都发生了巨大变化，而人事档案管理的办法和手段却停滞不前，由此产生许多实际问题，表现在日常档案管理上为：
　　1．对非公有制经济组织中员工人事材料的收集、整理、甄别工作无明确责任主体；对必需归档的档案材料，用人单位没有法定的责任约束，造成信息记载不全面，反映不准确，影响了人事档案的基本功能。
　　2．在人员流动过程中，私人保管档案乃至违规保管非本单位职工人事档案的现象依然存在。令档案管理机构与人事档案拥有人长期失去联系，弃档族人数不断增加。
　　3．由于某些单位领导对干部档案重要性认识不足，档案管理水平低下且利用价值不高。表现在：疏于健全干部档案管理制度；不配备专职档案管理员；档案经费投入不落实。对所接收和保管的人事档案长期不整理、不装订，甚至造成个人档案遗失。
　　4．档案管理人员的政治素质和业务素质参差不齐。突出表现在档案管理员的工作责任心及对人事档案管理业务的熟稔程度上。
　　当前干部档案管理工作中存在的这些问题已严重影响和制约着干部管理工作，阻碍着干部档案更好地为现人事工作和经济建设服务。因此，加强和改进干部档案管理工作，提高其管理质量和整体水平已刻不容缓。